临床上可根据主要体征的不同鉴别诊断不同病因的结膜炎，此外分泌物的性质及多少，真膜（伪膜），耳前淋巴结是否肿大等，皆有助于结膜炎的鉴别诊断。

从结膜分泌物鉴别，淋球菌和脑膜炎菌主要引起脓性分泌物；细菌性结膜炎分泌物量多，常为黏液或脓性，晨醒时眼睑常被分泌物所粘连；病毒性结膜炎分泌物量少，呈水样或浆液性；过敏性结膜炎分泌物常为红白色丝状，如春季卡他性结膜炎。

此病例水样分泌物，倾向于病毒性结膜炎的诊断。

耳前淋巴肿大、病毒性结膜炎长引起此症，可有压痛，细菌感染则极少见。

实验室的细胞学、病原体等检查可确诊结膜炎的病因。细胞学检查：不同病原体引起的结膜炎，其细胞反应液不相同。做结膜分泌物涂片或刮片（Gram染色，Giemsa染色）检查，如果多行核白细胞增多，常为细菌或衣原体的感染；单核细胞增多，多见于病毒性感染；巨噬细胞增多，常见于沙眼；细胞浆内见有包涵体，多见于包涵体性结膜炎；嗜酸性粒细胞增多，则多见于春季卡他结膜炎。

分泌物的病原学检查如PCR技术可快速、高效检测；泪液或结膜分泌物种的病毒DNA。