研究表明，验配合适、加工合格的镜片，在正确使用的情况下，对角膜上皮以内的眼部组织无任何负面影响，包括内皮细胞、角膜通透性等。
和其它隐形眼镜一样，角膜塑形可能产生的不良反映主要是在角膜表面，即角膜上皮。其中较常发生的是角膜上皮点状剥脱，尤其是在配戴的前两周。究其原因，主要是因为配戴角膜塑形镜后，眼角膜较以前处于供氧减少的状态，初始会不适应。这种症状随着时间的逐步减轻，一个月左右会消失。如果用户持续出现上皮脱落，而镜片配适情况良好，则说明该用户不适合配戴角膜塑形镜。对于上皮脱落，只要点滴抗生素或上皮修复性眼药水，停戴几天后即可自然恢复，无永久性损伤。实际上，即使不戴隐形眼镜，角膜上皮耶不断自然剥脱，新陈代谢。
如果出现上皮深层脱落，同时眼部或镜片引入细菌，有可能引发角膜感染，需加以治疗方可康复。