角膜上皮的一个重要作用使防止外界异物侵入眼内，特别限制一些水溶性物质透入眼内，以维持眼内的生理环境恒定，发挥上皮的屏障功能。
1、角膜上皮屏障功能损伤的分类
从屏障功能损伤的观点出发，角膜上皮损伤可分为三类。最多见的是点状表层角膜症，脱落的表层上皮部位屏障功能高度损伤，常见于干眼症、角膜异物、CL等引起的机械性角膜上皮损伤、电光性眼炎、特异性角膜炎等；第二类是荧光透过亢进型，这一类除紧密连接的损伤之外可能还同时伴有上皮细胞的损伤，所以虽无上皮缺损但透过的荧光强度很高，如药物毒性、胶样滴状角膜变性、SCL长期连续过夜配戴、糖尿病等的角膜上皮；第三类是结膜上皮型，这一类屏障功能已发生了质的改变，角膜表面部分被结膜覆盖，与角膜上皮相比结膜上皮的屏障功能很低，例如眼泪天疱疮、Stevens-Johnson综合征、化学烧伤等眼表疾患。
2、CL与角膜上皮屏障功能
利用荧光光度计测定荧光素进入角膜内的浓度，研究不同透气性能的（DK：0、128、250ⅹ10-11）HCL对角膜上皮屏障功能的影响。动物实验结果表明，PMMA CL （DK：0）戴镜进入角膜内荧光素浓度最高，RGPCL（DK:128,250）戴镜眼相对浓度很低，镜片透气性能降低，上皮的屏障机能显著降低，与家兔相比人眼的瞬目次数多，泪液循环效率高，因而影响较小。近年来不断开发出超高透氧的RGPCL材料，同时不断提高验配技术以保证良好的配适状态，从而基本保证了角膜上皮细胞的正常屏障机能。配戴Ortho-K CL对角膜上皮屏障功能的影响，根据国外一项采用扫描荧光光度计的研究，显示戴镜1个月后，虽然角膜上皮出现薄化改变，但角膜对荧光素的渗透性与戴镜前比较并无明显变化，个体间有较大差异。
除CL本身的因素外，戴镜中所使用的点眼液，CL多功能护理液中的表面活性剂，防腐剂等成分，也会对眼表屏障功能产生不同程度的慢性影响。