CL引起角膜内皮形态学的变化已被证实是很显著的，角膜内皮细胞密度降低的报告也陆续见于一些研究中。PMMA CL配戴者中内皮巨多变形和多行变化的改变十分明显，同时伴有细胞密度的降低，所以一些研究人员认为内皮细胞前两种形态学的改变降低了细胞的生理功能，是加速细胞死亡的先兆。归纳称之为“接触镜引发的角膜内皮细胞病变”，这些改变显现了未成熟细胞死亡进而细胞密度降低的病例过程。粗略统计大约10%的PMMA CL配戴者可出现这种病变，长期SCL EW配戴者中也常见这些改变。
1、根据我们临床的研究结果，戴镜10年以上，PMMA CL使内皮细胞密度下降30%以上，平均细胞面积增加30%以上。SCL DW是内皮细胞密度下降10%以上，平均细胞面积增加10%以上。SCL EW使内皮细胞密度下降20%以上，平均细胞面积增加20%以上，CV值增加10%以上。RGPCL引起的变化值均小于10%，显示了慢性缺氧与内皮细胞病变之间的关系。
2、CL引起的角膜内皮细胞改变存在着一定的个体差异。有些研究报告指出，CL戴镜后的内皮细胞密度偏离率[偏离率=（平均细胞密度一年平均细胞密度）/年龄平均细胞密度×100]参差不齐，小于10年的戴镜者中有些达-20%~-30%，而大于30年的戴镜者中有些在-10%之内，但有一例达-60%。一般认为内皮细胞的上述改变是不可逆的，但也有研究人员相信可能会出现缓慢的可逆性的改变。