一般情况，如果严格按照医师的指导进行配戴是可以避免严重角膜微生物感染的。当人体身体抵抗力低下时（感冒发热、劳累、合并其他疾病等），眼睛受外伤或角膜有损伤时等，有害微生物就会乘虚而入引起角膜感染。临床上角膜塑形镜引起的角膜感染可以使细菌感染、病毒感染、原虫（棘阿米巴等）感染和真菌感染，其中以细菌感染和棘阿米巴感染为多见。
黄金色葡萄球菌性角膜炎
一般情况下黄金色葡萄球菌是在皮肤黏膜引起化脓性疾病的常见病菌。
临床表现：畏光、流泪、分泌物增多、结膜充血，疼痛甚至视力下降。角膜溃疡多呈孤立的，圆形或椭圆形，灰白或奶白色外观，一般溃疡比较浅表，与周围正常组织的边界比较清楚，水肿与浸润程度较轻，可以引起轻中度的前房反应。如果溃疡发展也可产生深基质的脓肿，甚至角膜穿孔。
诊断：黄金色葡萄球菌性角膜炎的临床诊断主要根据病史、典型的临床表现。确切的病因诊断要根据角膜溃疡的细菌培养与鉴定。
治疗：药物治疗：目前最常选用的抗生素为喹诺酮类，如0.3%环丙沙星、0.5%氧氟沙星、0.3%诺氟沙星以及0.5%头孢甲肟。
手术治疗：对已出现深层角膜脓肿或穿孔的患者，在药物控制的条件下，可行角膜移植。
棘阿米巴性角膜结膜炎
棘阿米巴多见于受粪便污染的土壤或水源中，有滋养体期和包囊期。滋养体是棘阿米巴的活动性，为长椭圆，直径为15~45纳米。在适宜环境下表面伸出多支棘状突起，称为棘伪足，无鞭毛型，以伪足缓缓移动。通常依靠细菌等微生物为食物，以二分裂方式进行繁殖，繁殖周期平均为10小时（6~24小时）。当环境条件不适宜是，滋养体变小，分泌生生成厚的双层囊壁，形成包裹。包裹类圆形，直径为10~25纳米，内壁光滑为多边形，外币长皱缩，内外向接触形成棘孔，是包囊代谢的通道。包囊对外界环境的抵抗力极强对一般抗菌药物、氯化物、化学消毒剂等均不敏感。包囊甚至在自然环境下可以生存数年。
临床表现：绝大多数为单眼受累，个别患者也可双眼发病，骑兵一般比较缓慢。炎症早期主要表现为角膜上皮的不规则，上皮粗糙或反复上皮糜烂，有时可表现为假树枝氧改变。明显的眼痛是患者的主要症状，其程度往往超出体征，形成“症状与体征分离”现象。随着病情发展，炎症逐渐侵及基质层，逐渐形成角膜前基质层斑状，半环状或环状浸润，有些病变类似于盘状角膜炎的改变。部分患者可有放射状角膜神经炎。如未得到及时诊断与治疗，角膜角膜浸润很快发展成角膜溃疡，基质脓肿，并有卫星灶形成，前房积脓，严重者发生角膜坏死穿孔。如果角膜溃疡累及角膜缘，常导致角膜缘炎，甚至巩膜炎。
治疗：
药物治疗：角膜上皮病变间段的患者应用0.02%氯已定滴眼液，0.5%新霉素滴眼液，0.4%甲硝唑滴眼液联合治疗，每小时滴眼1此，连续用48小时。之后次数逐渐减少，总疗程不应少于6个月。同时口服伊曲康唑100mg，每日2次，连续7~10天，或口服甲硝唑50~100mg，每日3此，连续7~10天，应用药物的同时们进行角膜病变上皮的刮出，既可以清楚病变组织和病原虫，有有利于药物的渗透。进展期的患者，出局部滴眼药外，需增加结膜下注射0.5%甲硝唑0.5~1.0ml，每日1此，连续3~7天，但应注意少数患者可发生结膜局灶性坏死，如发现应立即停用。角膜溃疡局部用5%碘酊或1%甲紫烧灼。全身应用0.5%甲硝唑100ml静脉输液，每日1次，连续3~7天。
手术治疗：如果局部与全身治疗后，雁阵不能有效控制，或角膜脓肿面积较大，或角膜溃疡达到深层基质层，并前房反应重，应在药物治疗的基础上，考虑手术治疗。角膜移植：根据病变的程度可悬着板层角膜移植或穿透性角膜移植。手术后局部仍应给予抗阿米巴药物治疗半年以上，防止复发。
镰刀菌性角膜炎
镰刀菌属于自然界广泛存在的腐生或寄生性真菌，但在无人类活动的自然环境几乎不存在，20世纪70年代以来，感染病例有逐年增多的趋势，在真菌性角膜感染中，镰刀菌占首位。
临床表现：镰刀菌引起的溃疡呈污秽的灰白色，边缘不规则，从溃疡的边缘可见白色的丝状物伸向实质内、前房积脓、脓液黏稠，角膜内皮斑形成、溃疡的周围可见卫星病灶及免疫环。
实验室检测：涂片细胞学检查；病灶区材料分离培养真菌；组织活检病理学检查
治疗：
药物治疗：匹马霉素，一般使用1%~5%眼药水或5%的眼膏。每日6~8次点眼。咪康唑：1%咪康唑点眼液点眼，一次/每半小时或1小时。结膜下注射每次5~10mg。全身用药一般以200mg/次开始，每日3此静脉滴注。重症患者可每次用到800mg。氟康唑，0.2%点眼1次/半小时或1小时。全身用药一般以100~200mg口服或静脉滴注，每日1此。两性霉素B，用0.05%~0.2%两性霉素B点眼，1次/半小时或1小时。全身用药一般从0.25mg/kg体重凯斯，逐渐增量至0.5mg/kg。特比萘芬：0.1%特比萘芬滴眼，1次/半小时或1小时。由于镰刀菌的变异株很多，早期即应该联合两种或两种以上药物治疗。
手术治疗：重度患者，在炎症控制的条件下，行角膜移植手术，术后应继续抗真菌治疗。